Задачи, функции, порядок деятельности ФГБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии №51» определяются Федеральной службой по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека в соответствии с законодательством Российской Федерации. Основной задачей в деятельности Центра является своевременное, качественное и в полном объеме выполнение Государственного задания, сформированного МРУ № 51 ФМБА России.

ФГБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии №51» проводит санитарно-эпидемиологических экспертизы, гигиенические оценки, исследования, обследования в области обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия.

Центр обладает технологиями в области обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия: эксплуатация программного комплекса САУ «Инфекция» в целях обеспечения оперативности сбора, обработки и анализа инфекционной заболеваемости в Железногорске, применение ГИС — технологий для ведения социально-гигиенического мониторинга, проведение санитарно-эпидемиологических экспертиз биологически активных и пищевых добавок к пище и т.д.